1928年11月17日出生于江蘇省常州市。父親是工商業者，對子嚴格要求。

蔣亦元在當地最好的中學正衡中學讀初中時，年幼貪玩被指令留級，受到極大刺激，不甘人後，進另一中學仍升一級。從此勤奮好學不再貪玩，并以優異成績考入正衡中學高中部。蔣亦元從這次轉學接受了教訓，并培養了一種不怕挫折的精神和經常自省律己的習慣。

1946年他考入南京金陵大學理學院電機系。就讀一年後，看到校内許多從美國引進的農業機械，想到幼年在鄉下外婆家，親見中國農村的貧窮與落後，金陵大學農學院又是全國最知名的，于是冒着失敗就會丢掉學籍的風險，又經一次入學考試考入農學院讀農業工程專業，成為該系的首屆學生。該系的奠基人是美國林查理教授（Charles Riggs），創建人是其學生吳相淦教授。林教授先後在中國從教36年，在農業機械等領域作出過貢獻。蔣亦元在學期間得到他有關農業機械結構與設計、水力學、農田排灌學等七門課程的授業。當時西方的農業機械學尚屬初創，林教授善于把一般工程科學的理論與知識靈活地運用到農業機械等方面，赢得了蔣亦元的崇敬。

蔣亦元在學期間成績優良，多次獲得美國一些基金會的獎學金，并為低年級開設農業工程概論課，被系主任内定留校任教。1949年南京解放後，東北人民政府農業部副部長張克威到江南招聘建設人才，他聽了張克威的講話，被東北廣袤肥沃的黑土地、地廣人稀特别适合機械化的條件所吸引，決心去闖一番，于是婉謝了留校任教聘請到東北農學院任教。

接觸到蘇聯的農業機械教材，其理論比西方的要深入而全面得多。于是他就一頭紮了進去自學俄文，很快就掌握了蘇聯教材，繼而任蘇聯農機專家研究生班的助教。1957-1959年被派往蘇聯進修，師從蘇聯農機理論權威、榮譽院士列多希聶夫（М.Н.Летошнев）教授，從事收獲機械的理論研究，在嚴密的邏輯思維、分析與綜合和理論研究的技巧等方面得到較嚴格的培養，在實驗技術方面也有很大提高，并有機會在蘇聯兩個最高的農機與農機化研究所學習考察，對當時國際上農業機械化發展趨勢和水平有較深入的了解。回國後結合生産實際研究解決了亞麻種子清選全套機械化設備、糧食幹燥設備用的谷物清選與複脫機械、平台式逐稿器的理論研究、散放飼養乳牛喂飼和擠奶機械化的研究等。以上結果有的已為生産單位推廣使用，有的理論結果也被國内學者所驗證。

“文化大革命”期間積極參加生産實踐，被當時的領導提前安排從事水田築埂機研究。他一反傳統，将其改為單面取土的築埂工藝，采用相似理論在簡陋條件下作模型試驗，解決了嚴重黏土、阻力大等問題，并賦予它多種功能。

因過度勞累和遭受寒害，1974年他同時罹患四種疾病，到鞍山湯崗子療養院療養。同時在“腰腿木，豈甘卻，借杖踱。憑欄‘天上天’險，塞北風雲迫。心事浩茫起伏，百舉從頭索。”的處境中，回憶起水田勞動的艱辛，又勾起了他早年在蘇聯時就準備探索農機難題之一的割前脫粒收獲水稻的雄心。1975年末，他從療養院出來就開始着手“割前脫粒收獲新工藝與機器”的探索研究，前後共研制了工作原理與結構各異的四代樣機。懸挂式水田築埂機、平台式逐稿器理論分析與逐稿器長度的統計分析研究獲黑龍江省科學大會獎，并獲黑龍江省先進科技工作者稱号。

1990年應蘇聯布拉戈維申斯克農學院邀請，1993年應泰國農業部農業工程司、亞州理工學院邀請分别做學術報告。1989-1992年他在3次國際學術會議上被推舉擔任學科組組長。1985 年被評為博士生導師，1992-1997年擔任國務院學位委員學科評議組成員，1981-1996年擔任農業部高等學校教學指導委員會委員、農業工程學科組副組長，1985-1995年為機械工業部農機教學指導委員會委員。1997年當選為中國工程院院士。